Eigentümer des Kepler Universitätsklinikums ist zu 100% das Land Oberösterreich im Wege der Oberösterreichischen Gesundheitsholding GmbH. Mit 31. Dezember 2015 wurden das Allgemeine Krankenhaus der Stadt Linz (AKh Linz), die Landes- Frauen- und Kinderklinik (LFKK) und die Landes-Nervenklinik Wagner-Jauregg (LNK WJ) in die Kepler Universitätsklinikum GmbH eingebracht.